通过深化育种技术研究，加快新品种（系）的转化力度，目前新疆主要农作物良种覆盖率达到90%以上，并为农作物新一轮品种更新换代提供了储备。 
科技兴农，良种先行。新疆“十一五”着力加快农作物新品种（系）转化力度，转化作物新品种（系）18项，围绕粮食作物，重点转化了丰产性、适应性强的“新冬26号”等小麦新品种，“新玉33号”等玉米新品种，棉花、加工番茄、葡萄等优势特色产业新品种。建立了种子田和示范田，其中甜菜新品种良繁及转化项目，种子质量达到国家一级标准。创建了2800余亩高产高糖示范田，亩产量在4000公斤至4700公斤，产量较全疆平均水平提高25.6%至47.6%，含糖率提高1.67度至2.06度，示范推广23万余亩，亩平均产量3850公斤至4300公斤。 
新疆还紧紧围绕高产、优质、抗逆，全面深化育种技术研究，突出高产、超高产和抗病性改良，加速优良品种（系）扩繁推广，取得一批优质专用抗逆超高产新品种，其中小麦品种7个，玉米品种12个，水稻品种及杂交组合13个，甜菜品种4个，加工番茄品种4个，为新疆新一轮品种更新换代提供储备。其中选育出优质专用高产冬小麦新品种新冬32号，是近十几年来自治区区试中首次出现比主栽品种增产10%以上的品种，有望成为北疆冬小麦中晚熟区的替代品种。在杂交水稻研究方面，选育出杂交水稻新品种新稻25号，在野败型恢复系选育和理论研究方面取得突破，步入国内领先行列。选育出加工番茄系列新品种新番36号，是目前国内唯一在生产中大面积应用的机采品种